ШОС характеризуется многоуровневой структурой принятия решений. Высшим органом является Совет глав государств-членов, который собирается раз в год и определяет приоритеты и основные направления деятельности организации.
В него входят лидеры стран-участниц. В 2023 году они заседали в столице Индии Нью-Дели, 3–4 июля 2024 года прошел саммит в столице Казахстана Астане. Председательство ШОС на 2025 год перешло к КНР, соответственно следующее собрание организации пройдет в Китае.
Совет глав правительств (премьер-министров) государств-членов ШОС также проводит ежегодные встречи для обсуждения стратегии многостороннего сотрудничества. Подготовкой заседаний и реализацией достигнутых решений занимается Совет министров иностранных дел. Также проводятся регулярные встречи руководителей министерств и ведомств стран-участниц. Такая структура управления позволяет эффективно координировать сотрудничество стран ШОС.